在正常運行一段時間后，反滲透膜元件會受到給水中可能存在的懸浮物或難溶鹽的污染，這些污染中最常見的是碳酸鈣沉淀、硫酸鈣沉淀、金屬(鐵、錳、銅、鎳、鋁等)氧化物沉淀、硅沉積物、無機或有機沉積混合物、NOM天然有機物質、合成有機物(如：阻垢劑/分散劑，陽離子聚合電解質)、微生物 (藻類、霉菌、真菌)等污染。
污染性質和污染速度取決于各種因素，如給水水質和系統回收率。通常污染是漸進發展的，如不盡早控制，污染將會在相對較短的時間內損壞膜元件。當膜元件確證已被污染，或是在長期停機之前，或是作為定期日常維護，建議對膜元件進行清洗。
反滲透膜元件的污染與清洗
當反滲透系統（或裝置）出現以下癥狀時，需要進行化學清洗或物理沖洗：
在正常給水壓力下，產水量較正常值下降10～15%；
為維持正常的產水量，經溫度校正后的給水壓力增加10～15%；
產水水質降低10～15%，透鹽率增加10～15%；
給水壓力增加10～15%；
系統各段之間壓差明顯增加。
保持穩定的運行參數主要是指產水流量、產水背壓、回收率、溫度及TDS。如果這些運行參數起伏不定，建議檢查是否有污染發生，或者在關鍵運行參數有變化的前提下反滲透的實際運行是否正常。
定時監測系統整體性能是確認膜元件是否已發生污染的基本方法。污染對膜元件的影響是漸進的，并且影響的程度取決于污染的性質。表1“反滲透膜污染特征及處理方法”列出了常見的污染現象和相應處理方法。
已受污染的反滲透膜的清洗周期根據現場實際情況而定。正常的清洗周期是每3-12個月一次。
當膜元件僅僅是發生了輕度污染時，重要的是清洗膜元件。重度污染會因阻礙化學藥劑深入滲透至污染層，影響清洗效果。
清洗何種污染物以及如何清洗要根據現場污染情況而進行。對于幾種污染同時存在的復雜情況，清洗方法是采用低PH和高PH的清洗液交替清洗（應先低PH后高PH值清洗）。
