1.濃差極化
在反滲透脫鹽系統中，膜的選擇透過性，使水分子不斷從高壓側透過膜，而溶質分子仍殘留于原溶液中，導致膜表面上的料液和進口料液之間產生一個濃度差，嚴重時會產生很高的濃度梯度，這種現象稱為濃差極化。濃差極化使料液滲透壓增大，有效推動力減小，造成透水速度和脫鹽率下降。
2. 無機鹽結垢
CaCO3、CaSO4、BaSO4、SrSO4、CaF2及SiO2等溶度積較小的鹽類，在反滲透過程中可能會因濃縮超過其溶度積而析出，產生沉積物停留在膜表面上或在進水通道內形成水垢。
3. 吸附性污染
屬于苦咸水范圍的某些井水水源一般含有低價鐵離子和錳離子，具有一定還原性，此類水源造成膜污堵的主要原因就是鐵、鋁、錳等在膜表面產生膠體顆粒污堵。當O2進入含Fe2+的進水中，高堿度水源形成碳酸鐵、硅酸鐵，還原菌在摻和進來，鐵垢形成越來越快，鐵絮凝劑轉化引起的膠體狀鐵。金屬污染后的特征表現是產水量下降，壓差上升。
4. 生物污泥的形成
來源于地表水和污水的水源，遇到的問題多半是生物污泥。當膜表面覆蓋生命力旺盛的微生物污泥時，膜所除去的鹽類將陷于黏層中，不易被水沖走，為微生物繁殖提供了豐富的營養物質，與此同時反滲透進水前預處理時加入的阻垢劑、軟水劑等又能促進微生物生長。
5. 膠體物污染
地下水及地表水均含有鐵、鋁、硅、有機質等物質，它們和預處理時加入的混凝劑、助凝劑、阻垢劑等形成膠體沉積在膜表面造成膠體污染。膠體物污染難處理是由于帶有同種電荷，比較穩定，不易沉降，但在RO膜過濾水時被截留在膜表面，形成水合物，易污染膜，導致水通量下降。一般這種趨向用污染指數(SDI)進行評價。通常當SDI<3時，膜表面不產生此類污;當SDI>3時，會發生污堵。這是最難搞的一類污染!
6.水錘現象
對于反滲透系統，由于設計的不合理，在開始調試階段，裝填膜的膜殼內有大量的空氣，當待處理液瞬間進入膜殼時，由于空氣具有可壓縮性，且瞬間不可能完全排盡;當空氣在膜殼內達到一定壓力時，會突然爆破釋放，引起反滲透膜在膜殼內相互撞擊、擠壓以及竄動，產生“水錘”現象。在反滲透系統中，水錘的危害在于造成無法恢復的反滲透膜元件損傷。當然，這種現象也可以通過完善的設計而避免。
7.懸浮顆粒物
保安過濾器會因“短路”或缺陷造成過濾介質、腐蝕碎片及異物(如小芯絨線)等的泄漏或反滲透初次投用沖洗不徹底時，可能使膜元件受到污染，使進水通道堵塞以及膜面上形成非晶體沉淀。但這種情況較少遇到。
8.其他因素造成的污染
碳氫化合物和硅酮基的油及脂類覆蓋于膜表面，致使膜受到污染;膜的水解、有機溶劑及氧化性物質侵蝕等也會造成膜材料的本質改變。
